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FastGA是一款开源的超快速双基因组比对工具，能在普通笔记本电脑上几分钟内完成10 Gbp级基因组的比对。

一、下载与安装

下载地址

wget https://github.com/thegenemyers/FASTGA/archive/refs/tags/v1.5.zip

wget https://github.com/thegenemyers/FASTGA/archive/refs/tags/v1.5.tar.gz

该教程编写于2026.7，如后续没法下载，可以查看其github发布页：

https://github.com/thegenemyers/FASTGA/releases

解压：tar -xzf v1.5.tar.gz

进入文件夹：cd FASTGA-1.5

编译整个项目：make

根据个人偏好，可以将编译后的文件放入bin、添加.bashrc或者使用绝对路径使用，在此不多赘述。

二、使用

主要功能：

FastGA <reference.fasta> <query.fasta> [options] # 执行比对

ALNtoPAF <input.1aln> > <output.paf> # 将结果 .1aln 文件转换为通用 .paf格式

ALNplot <input.1aln> > <output.ps> # 对结果链化并生成点图（Photoshop格式）

其它功能：

ALNshow：以多种格式显示选定的比对结果，用于查看和调试。

FAtoGDB：将 FASTA 文件转换为 FastGA 内部使用的基因组数据库（GDB）格式。

GIXmake：为给定的 GDB 构建基因组索引（GIX）。

......

如果追求快速开始，直接使用 FastGA：

FastGA <reference.fasta> <query.fasta> -1:path/to/output.1aln

工具会输出 ALN 格式的文件，这是一种二进制压缩文件，相比 PAF 能压缩十多倍。

随后可以使用 ALNplot 绘制点图：

ALNplot test.1aln > test.ps

绘制结果为 Photoshop 格式，可以在 PS 中打开并编辑。

最后，可以使用 ALNtoPAF 将 ALN 格式转化为 PAF 格式：

ALNtoPAF <input.1aln> > <output.paf> # 不要忘了重定向（>）

转化后的文件可以用于绘制图片，或者进行分析

注：该工具包-paf和-psl参数都会将结果直接输出至“标准输出”（屏幕），需要通过重定向储存文件。

注：该脚本没有-h和--help选项，直接运行对应脚本就能查看帮助。

注：在LSF集群使用该脚本时，出现无法识别相对路径的情况，可以将路径改为绝对路径。

FastGA help 文档（机翻）

Usage: FastGA [-vkNS] [-L:<log:path>] [-T<int(8)>] [-P<dir($TMPDIR)>] [<format(-paf)>]

[-f<int(10)>] [-c<int(85)> [-s<int(1000)>] [-l<int(100)>] [-i<float(.7)]

<source1:path>[<precursor>] (#[<mask>[.1bed]])*

[ <source2:path>[<precursor>] (#[<mask>[.1bed]])* ]

<format> = -paf[mxsS]* | -psl | -1:<align:path>[.1aln]

<precursor> = .gix | .1gdb | <fa_extn> | <1_extn>

<fa_extn> = (.fa|.fna|.fasta)[.gz]

<1_extn> = any valid 1-code sequence file type

#: 使用此掩码对前面的基因组进行软掩码

-v: 详细模式，运行时输出统计信息。
-L: 将日志输出到指定文件。
-k: 保留任何生成的 .1gdb 和 .gix 文件。
-N: 不进行软掩码。
-S: 使用对称种子（不推荐）。
-T: 使用的线程数。
-P: 用于临时文件的目录。

-paf: 流式输出 PAF 格式
-pafx: 流式输出 PAF 格式，CIGAR 字符串中使用 X
-pafm: 流式输出 PAF 格式，CIGAR 字符串中使用 =
-pafs: 流式输出 PAF 格式，使用简短形式的 CS 字符串
-pafS: 流式输出 PAF 格式，使用长形式的 CS 字符串
-psl: 流式输出 PSL 格式
-1: 生成 1-code 输出到指定文件

-f: 自适应种子计数截断值
-c: 两个基因组中最小种子链覆盖
-s: 启动新种子链的阈值
-l: 最小比对长度
-i: 最小比对一致性
-S: 从两个基因组中种子适配体